Markvartický kostel potkal stejný osud jako stovky dalších historických památek v pohraničí: na opravy státem spravované památky "nebyly peníze" a volně přístupná, neuzamčená a neudržovaná stavba se postupně rozpadala. Ještě v šedesátých letech byl kostel zastřešený, a dominantou zničeného vnitřního prostoru kostela stále ještě zůstávaly působivé barokní obrazy umístěné po obvodě kůru, vysoko nad hlavním prostorem lodě kostela. Na přístupové cestě od Veselí stála novogotická socha madony.

Stav kostela se ale stále zhoršoval, vybavení kostela postupně podléhalo devastaci. Část vybavení byla údajně převezena do blíže neurčených kostelů na Slovensko(?), menší část vybavení se zřejmě nachází v obnoveném kostele v Růžové. V roce 2000 z markvartického kostela zbývaly už jen holé obvodové zdi porostlé břízami, jak výmluvně dokumentují úvodní fotografie. Jen věž si uchovala zastřešení a část nosných trámů schodiště.

Od roku 2003 probíhá postupná obnova kostela. Vybavení převezené na Slovensko nebylo zatím dohledáno.

Původní stav markvartického kostela je popisován v knize Jaroslava Kocourka "Český Atlas" takto:

Na návrší (277 m n.m.) stojí barokní kostel sv. Martina z let 1701-03. Dlouhou loď pokrývají fresky z 19. století znázorňující Nanebevzetí Panny Marie, Obětování v chrámu, Mariinu cestu do chrámu a Anděla. Horní část kostela vyplňuje tříramenná zděná kruchta na dvou pilířích vyzdobená 24 barokními obrazy apoštolů a světců z 1. poloviny 18. století. Druhá dřevěná kruchta je nad západním ramenem. Na bočních trojdílných oltářích visí obraz Anděl varuje Josefa před Herodem a Příbuzenstvo Kristovo. Sochy na konzolách představují sv. Jana Nepomuckého, Josefa, Bičovaného Krista, Nejsvětější Trojici, sv. Máří Magdalénu a Antonína Paduánského.

Ve zdi kolem kostela jsou barokní výklenkové kapličky zastavení křížové cesty, na bráně pak sochy sv. Jana Evangelisty a Jana Křtitele.

Část výzdoby kostela je dnes umístěna v obnoveném kostele v Růžové